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Agarose 길라잡이
 작성자 : 바이오프로젠
Date : 2014-06-11 21:09  |  Hit : 4,357  
   http://test.bioprogen.com/eshop/eshop_shopping_test_02.php?p_no=89 [1173]
요즘 Agarose의 가격과 품질은 각양각색, 천차만별입니다.
가격이 저렴하다고 좋은 것인가?
혹은 가격이 고가 이면 품질이 좋은 것인가?

좋은 Agarose의 선택 포인트를 알고 꼼꼼하게 짚어 본다면 탁월한 선택을 할 수 있을 것입니다.


1. EEO (electroendosmosis)

Agarose 품질을 나타내는 가장 중요한 기준
Agarose에 존재하는 불순물로서 아가로펙틴이란 물질이 있는데, 이 물질은 황산기를 포함하고 있어 음전하를 띠게 되며 이로인해 DNA의 움직임을 방해
따라서 정제과정에서 완벽하게 제거되면, 음전하의 양은 줄고, DNA는 빨리 움직이며, 따라서 EEO의 수치도 감소

체크 포인트 하나 : EEO 수치가 낮을수록 잘 정제된 것을 의미하며, 고가 및 고품질의 아가로스 임을 의미


2. gel strength

Agarose를 끓여 녹이고 굳힌 후 전기영동을 수행하거나 필요시 Nitrocellulose membrane 이나 나일론 membrane에 DNA를 transfer 시키는 blotting 과정 진행
이때 Gel strength 높아야 UV 박스로 옮기는 과정 중에 gel이 부서지는 것을 방지, 또한 blotting 도중에 얇게 쭈그러드는 현상 지연 가능

아가로스의 젤강도를 결정하는 요소는 세가지
첫째, Ca, Mg 등과 같은 2가 양이온이 다량 존재 할 경우 젤 강도는 높아지지만 DNA 움직임을 방해하므로 반드시 제거
두번째, 아가로펙틴이 많으면 젤강도 감소, 즉, 고순도 일수록 gel strength 증가
세번째, 고분자 탄수화물로서 고분자일수록 강도가 크므로 정제과정에서 분해가 되면 분자량이 줄어들면 강도 감소

체크 포인트 둘 : 반드시 강도가 높은가를 확인, 강도가 높을수록 고가 및 고품질의 아가로스 임을 의미


3. DNase/RNase

가장 흔히 행해지는 유전자 조작시 DNA 분해 효소 또는 RNA 분해효소 존재시 재현성 있는 결과 도출 불가능
일반적으로 Gel내에 있는 DNA가 24시간 이내에 분해되지 않음을 확인하면 검출되지 않는다고 판정

체크 포인트 셋 :반드시 Agarose 내에 상기의 효소 존재유무 확인



 
   
 

 
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